现在，无菌灌装技能已成为行业界注目的焦点。但一些困难也阻止了他的发展速度。首要，本钱过高影响出售。与规范的灌装出产线比较，无菌灌装的装置与运用本钱要高出30%。各个国家的饮料出产商对是否选用无菌灌装多持谨慎态度，不少厂家因出资报答期过长而不肯购买。

  其次，出产的根本工艺及产品的卫生问题。尽管设备制造商一直致力于使其产品适于不同的出产的根本工艺和加工技能，但运用无菌灌装仍会存在一些质量上的潜在危险。据此，有制造商倡议一步法无菌灌装工艺，其长处是将制瓶与灌装有机地结合起来，不用再进行灌装前的空瓶灭菌，防止灭菌药剂在饮料产品中残留。

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